Эту работу, к сожалению, придется делать вручную и здорово попотеть!
Cпособ 1
Найти компанию в поиске, далее нажав на значок "три точки" справа от выбранной компании, во всплывающем меню выбрать пункт "Скрыть вакансии компании".
При этом вы всегда можете "восстановить" ее в настройках SuperJob.
Способ 2
Настроить видимость к самому резюме. Например, "доступ к резюме по ссылке" или "всем компаниям, кроме...".